Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 379 vzorcev odvzetih med 28. 02. 2022 in 06. 03. 2022

V enainšestdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 379 vzorcev (61 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 28. 02. 2022 in 06. 03. 2022. Izmed teh je bilo 54 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 15 % iz Goriške regije, 6 % Obalno-kraške regije, 5 % iz Gorenjske, po 4 % iz Primorsko-notranjske in Jugovzhodne regije, po 3 % iz Posavske in Zasavske regije, 2% iz Savinjske regije in po 1 % iz Podravske in Pomurske regije. Šest vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Beta - B.1.351 - Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 - B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V enainšestdesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 - Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V enainšestdesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta - B.1.617.2 - Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V enainšestdesetem presejalnem obdobju smo različico delta potrdili v 1 vzorcu. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.473 osebah.

Omikron - B.1.1.529
Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V enainšestdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v 378 vzorcih (v 238 vzorcih podrazličico BA.1.1, v 26 vzorcih BA.1 in v 114 vzorcih podrazličico BA.2).

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v presejalnem testiranju.

---
PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 379 vzorcev odvzetih med 28. 02. 2022 in 06. 03. 2022