Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 381 vzorcev odvzetih med 21. 02. 2022 in 27. 02. 2022

V šestdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 381  vzorcev (47 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 21. 02. 2022 in 27. 02. 2022. Izmed teh je bilo 64 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 12 % iz Goriške regije, 6 % iz Gorenjske regije, po 4 % iz Zasavske in Obalno-kraške regije, 3  % Jugovzhodne regije, po 2 % iz Posavske in Savinjske regije in 1 % iz Primorsko-notranjske regije. Trije vzorci so pripadali osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Beta - B.1.351 - Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 - B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V šestdesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 - Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V šestdesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta - B.1.617.2 - Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V šestdesetem presejalnem obdobju smo različico delta potrdili v 2 vzorcih. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.472 osebah.

Omikron - B.1.1.529
Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V šestdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v 379 vzorcih (v 260 vzorcih podrazličico BA.1.1, v 32 vzorcih BA.1 in v 87 vzorcih podrazličico BA.2).

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v presejalnem testiranju.

---
PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 381 vzorcev odvzetih med 21. 02. 2022 in 27. 02. 2022